従業員家族の本人確認は誰が行うのでしょうか?
事業者は、従業員とその家族にマイナンバー制度について説明する必要があります。みだりに教えてはいけないと広報されている中で、事業者はマイナンバー法に従って、社会保障と税務という目的の下で、マイナンバーの提供を求めているということを懇切丁寧に説明することが何より大切です。

従業員本人に対しては、一般的に会社の人事担当者がマイナンバー提供を求めて、本人同意の下で取得します。
子供たち扶養家族に対しては、従業員が勤務先の「個人番号事務実施者」という立場として扶養家族のマイナンバーを収集します。これは「個人番号事務実施者」が扶養控除等申告書の提出という個人番号関係事務を処理するためです。(番号法第19条第2号、所得税法第194条第1項、ガイドライン(事業者編)p.27)
配偶者が国民年金第3号被保険者の場合は二通りあります。それは・・・

①従業員が代理人として配偶者から委任状によって取得します。
②従業員に、配偶者のナンバー確認と本人確認を委託して、つまりこの旨の規程条文を設けることによって、配偶者から取得します。
やや、ややっこしいですが、こうしたことを事業者から従業員へていねいに説明することが、事業者に求められています。